ほとんどのWebGLライブラリーで、Collada形式の読み込みとアニメーションが実装されてきているようです。

Colladaファイルは他の形式からBlenderで変換して書き出しできます。(BlenderのColladaは難ありだったようですが、解決してきているようです)

リアルタイムでの計算は、処理が重くなるのでThree.jsなどは、Collada読み込み時に計算してモーフアニメーションに変換するようです。

参考になるサイト

Three.js ボーン  Three.jsでのボーンアニメーションについてまとめてみました。

WebGLでMMD  WebGLでMMDのリンクです。作者のブログとかにかなり役立つ情報満載です。

BVH Motion Player  BVH形式を再生させるソフトです。ソースコードが参考になるかも